关于果酒生产线的灭菌，一种是需要杀死病原体和腐败细菌污染的果汁，在特定环境下破坏果酒口感，如一定时间内关闭的瓶、罐或其他容器；另一种是在灭菌过程中尽可能保护果酒的营养和风味。
果酒生产线杀菌包括热杀菌和冷杀菌。
在汁热灭菌法、巴氏杀菌(长时间低温灭菌法)，高温和超高温灭菌法。
良好的杀菌效果的热杀菌方法，但温度往往会对果汁质量的杀菌和不利影响，如颜色，味道，营养损失等。
果汁冷杀菌在两大类中都有物理杀菌和化学杀菌。物理灭菌是利用现场（包括电场、磁场）、高压、电子、光等物理手段，在低温或室温下达到灭菌方法的目的。普通物理杀菌技术的脉冲电场杀菌的超高电压，脉冲强光杀菌、高压静电灭菌，半导体光催化杀菌、微波杀菌、辐照杀菌等。
化学杀菌是利用化学试剂使蛋白质凝固的干扰变性，酶的活性，抑制细菌的生长和代谢，或破坏膜结构，破坏其生理功能，实现杀菌。有一种常见的化学杀菌方法，使用过氧化氢、环氧乙烷、次氯酸钠等化学杀菌。
有物理杀菌技术是一种“绿色”杀菌技术，其热稳定性和化学杀菌具有以下特点：
(1)杀菌效果高，避免温度过高造成营养损失，能更好地保持果汁的天然香料。
(2)避免化学试剂对人体的危害。
(3)减少化学试剂对环境的污染。
(4)对设备及设备提出更高的要求。
